服薬開始3ヵ月以内は，ほとんどの副作用，すなわち無顆粒球症，皮疹（蕁麻疹），肝機能障害，関節痛などの好発時期である．ところがプロピルチオウラシル内服中に発症することが多いANCA関連血管炎は服薬開始1年以上経ってから発症する点で注意を要する．プロピルチオウラシルによるANCA関連血管炎は糸球体腎炎の臨床像で発症することが多いが，肺胞出血をきたす例も報告されている．
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